二手液質聯用儀主要應用于藥物代謝及藥物動力學研究、臨床藥理學研究、天然藥物(中草藥等)開發研究、新生兒篩選、蛋白與肽類的鑒定、殘留分析、毒物分析、環境分析-公安、環保、食品、自來水、衛生防疫等行業。
在藥物分析研究領域也有著重要的意義。雖說在藥物研發中的雜質研究和藥物動力學研究階段，通常雜質和藥代動力學樣品的血藥濃度的含量很低，分析難度大且干擾多，但液質聯用技術由于其選擇性強和靈敏度高，可以快速準確地測定藥物分析中的痕量物質，且儀器能夠對準分子離子進行多級裂解，從而提供化合物的相對分子量以及豐富的碎片信息。
二手液質聯用儀不僅能夠定性定量檢測禽畜肉和農作物等食品中的藥物殘留，提供檢測物質的結構信息而且精密度高、重現性好，能夠排除假陽性檢測結果。液質聯用技術能夠快速簡便地檢測肉制品中的氯霉素、氟苯尼考、雪卡毒素等有害物質，特別是在檢測農藥殘留方面快捷有效，故而液質聯用在食品安全分析領域也起著重要的作用。
除了在上述領域受重視外，在藥物代謝及藥物動力學研究、臨床藥理學研究、天然藥物(中草藥等)開發研究、新生兒篩選、蛋白與肽類的鑒定、殘留分析、毒物分析、環保、食品、自來水、衛生防疫等行業也有著發揮著積極的作用。
